Dans la Théogonie (v. 270–283), Hésiode range les Gorgones parmi la descendance de Phorcys et de Céto. Elles habitent au-delà du fleuve Océan, aux confins du monde, du côté de la nuit, là où vivent aussi les Hespérides. Méduse y est seule mortelle ; le poète rapporte que Poséidon s'unit à elle « dans une molle prairie, parmi les fleurs du printemps », et que de son cou tranché par Persée naissent Chrysaor et Pégase.

Hésiode ne décrit ni ses traits ni son regard : le pouvoir pétrifiant n'est explicitement attesté que plus tard, notamment chez Pindare (Pythiques X et XII). C'est l'art archaïque, avec ses masques grimaçants aux crocs saillants et à la langue tirée, qui fixe l'image d'une Gorgone monstrueuse. Elle incarne alors la terreur primordiale — le deinos grec — que l'on ne peut affronter que de biais, par le reflet ou la ruse.

C'est Ovide, au livre IV des Métamorphoses (v. 794–803), qui donne la version la plus dramatique : Persée y raconte que Méduse était une jeune femme d'une beauté incomparable, célèbre entre toutes pour l'éclat de sa chevelure, et que le maître des mers l'outragea dans le temple de Minerve.

La déesse, offensée par la profanation de son sanctuaire, détourne son visage derrière son égide et retourne sa colère non contre le dieu coupable — intouchable —, mais contre la victime : pour que le crime ne reste pas impuni, elle change les cheveux de Méduse en serpents. Le regard pétrifiant de la Gorgone, à l'œuvre dans tout le récit de Persée, devient ainsi la marque d'un châtiment.

Cette version soulève des questions morales qui n'ont cessé de troubler les lecteurs. Elle fait de Méduse une figure doublement victime : de la violence d'un dieu, puis de la punition d'une déesse. Les lectures modernes, notamment féministes, y ont vu le paradigme de la femme condamnée pour le crime d'un autre.

Le roi de Sériphos Polydectès, épris de Danaé et désireux d'écarter son fils Persée, obtient de celui-ci la promesse de rapporter la tête de la Gorgone. La mission est conçue pour être mortelle.

Persée bénéficie pourtant du soutien des dieux, dont le détail varie selon les sources. Dans la version la plus complète, celle d'Apollodore (Bibliothèque, II, 4, 2), Hermès et Athéna le guident ; il contraint les Grées, qui n'ont à elles trois qu'un œil et une dent, à lui révéler le chemin des Nymphes ; celles-ci lui confient des sandales ailées, la besace appelée kibisis et le casque d'Hadès qui rend invisible ; Hermès lui donne une serpe d'acier, la harpè. Le bouclier de bronze dans lequel il observe le reflet de Méduse pour ne pas croiser son regard apparaît chez Apollodore comme chez Ovide.

Parvenu auprès des Gorgones endormies, Persée s'approche de Méduse en ne regardant que son reflet dans le bouclier, la main guidée par Athéna, et la décapite. Il glisse la tête dans la kibisis et s'enfuit, invisible grâce au casque d'Hadès, tandis que Sthéno et Euryale, réveillées, le poursuivent en vain.

Du cou tranché jaillissent les deux enfants qu'elle avait conçus de Poséidon : Pégase, le cheval ailé, plus tard associé à la source Hippocrène et aux Muses, et Chrysaor, « à l'épée d'or », père du géant Géryon. Cette naissance paradoxale — la vie surgissant de la mort — est l'un des motifs les plus frappants du mythe.

La tête conserve son pouvoir après la mort. Chez Ovide, Persée pétrifie le Titan Atlas, puis, aux noces d'Andromède — qu'il a délivrée du monstre marin à coups d'épée —, Phinée et ses partisans ; de retour à Sériphos, il change Polydectès en pierre. Il offre enfin la tête à Athéna, qui la fixe sur son égide.

La Méduse Rondanini, du nom du palais romain où elle se trouvait, est conservée à la Glyptothèque de Munich. C'est une copie romaine ; la datation de son modèle grec est discutée — certains la rattachent au gorgoneion du bouclier de l'Athéna Parthénos de Phidias (vers 440 av. J.-C.), d'autres à l'époque hellénistique.

Elle illustre en tout cas un tournant dans la représentation de la Gorgone. Là où l'art archaïque la dépeignait avec un faciès grimaçant, des crocs et une langue tirée, ce visage est d'une beauté sereine et mélancolique. Les serpents, noués sous le menton, restent présents, mais n'inspirent plus l'effroi : on retrouve, dans la pierre, la victime belle et maudite que décrira Ovide.

Le Caravage a peint deux fois la tête de Méduse. La seconde version, aujourd'hui aux Offices, fut commandée par le cardinal Francesco Maria Del Monte comme présent pour le grand-duc de Toscane Ferdinand Ier de Médicis. La première, légèrement plus petite et conservée en collection particulière, est dite « Murtola » d'après le poète Gaspare Murtola, qui la célébra dans un madrigal.

Le peintre saisit la tête à l'instant qui suit la décapitation : les yeux s'écarquillent, la bouche s'ouvre sur un cri, le sang jaillit du cou, les serpents se tordent encore. En peignant la Gorgone sur un bouclier de parade convexe, il réactive la fonction du gorgoneion apotropaïque et l'image du bouclier-miroir de Persée. Selon une tradition souvent reprise, le visage serait un autoportrait du peintre.

Méduse se reconnaît dans l'art antique à un ensemble d'attributs qui évoluent au fil des siècles, du masque repoussoir archaïque au visage humanisé de l'époque classique et hellénistique.

Dans la numismatique romaine, c'est avant tout le gorgoneion qui est représenté. Il apparaît comme type principal sur les deniers de L. Cossutius Sabula et de L. Plautius Plancus, puis, sous l'Empire, comme ornement de l'égide de Minerve ou de la cuirasse des empereurs.

Le symbole de Méduse est d'une ambivalence exceptionnelle. Son regard pétrifiant incarne la terreur à l'état pur, ce que les Grecs nommaient deinos : le terrible, le prodigieux, le sacré dans ce qu'il a d'effrayant. Cette dimension en fait l'emblème des divinités guerrières et des protecteurs divins.

Mais le paradoxe fondamental de Méduse est que sa terreur même protège. Le gorgoneion, fixé sur l'égide d'Athéna, sur les cuirasses des empereurs et sur les frontons des temples, repousse le mal par la menace. Le regard qui tue devient le regard qui protège : c'est la logique même de l'objet apotropaïque, qui retourne la force destructrice contre elle-même.

Platon, dans le Banquet (198c), fait dire à Socrate qu'il craint que le discours d'Agathon ne lui oppose « la tête de Gorgias », jeu de mots sur la Gorgone qui laisse sans voix. Dante, au chant IX de l'Enfer, fait appeler Méduse par les Furies devant les portes de la cité de Dis, et Virgile couvre les yeux du poète pour le protéger.

À la Renaissance et à l'âge baroque, Méduse devient une figure inépuisable : Vasari mentionne une tête de Méduse peinte par Léonard de Vinci, aujourd'hui perdue ; Benvenuto Cellini dresse son Persée brandissant la tête sur la Piazza della Signoria ; le Caravage en fait l'un de ses chefs-d'œuvre. En 1819, Shelley consacre un poème à une Méduse des Offices alors attribuée à Léonard, aujourd'hui donnée à un peintre flamand anonyme du XVIIe siècle ; il y voit la beauté et l'horreur réunies.

Dans un bref texte de 1922, « La tête de Méduse », Freud interprète la tête tranchée comme une figuration de l'angoisse de castration, les serpents multipliant le symbole qu'ils semblent nier. Cette lecture, aujourd'hui datée, témoigne de la puissance persistante du mythe comme miroir des angoisses humaines.